この制度は、中小企業者、金融機関、協会の三者から成り立つ 「信用保証制度」 と、 協会が（株）日本政策金融公庫に対して再保険を行う 「信用保険制度」 との総称を いいます。協会は、地方公共団体から出えん金等の財政支援を受けることにより、信用保証業務に伴う リスクに対する資金的な裏付けを行い、さらに、信用保険制度により、保証債務履行 （ 代位弁済といいます。 ） に伴う負担が軽減されています。これらにより協会は、 広範な中小企業者の金融を円滑にすることができるようになります。
このように、信用保証制度と信用保険制度は有機的に結合し、中小企業金融の円滑化を支援しています。
『信用補完制度の基本仕組み図』
平成１７年６月に中小企業政策審議会基本政策部会から提言された、「信用補完制度のあり方に関するとりまとめ」の中の項目の一つで「保証協会と金融機関とが適切な責任分担を図り、金融機関が貸し手としての責任ある融資を行い、両者が連携して、中小企業者の事業意欲を継続的に把握し、① 融資実行、② 融資後における経営支援や再生支援といった中小企業者に対する適切な支援を行うことが必要である。」とされたことを受けて、平成１９年１０月から実施された制度です。次の二つの責任共有方式が導入され、金融機関がどちらかを選択することになっています。
定められた計算期間内において保証債務平均残高と代位弁済額により代位弁済率を算出し、 定められた計算期間内においての保証債務平均残高に対して、前述の代位弁済率を乗じた金額の２０％を負担金として金融機関が協会に納付する方式
個別融資金額の８０％を協会が保証する方式 (保証制度として特定された「特定社債保証」、「流動資産担保融資保証(ＡＢＬ保証)」 等)
